1872년 12월 17일 네덜란드의 북부 지방 도시인 흐로닝언에서 태어났다. 일곱 살 무렵 흐로닝언에 들어온 카니발 행렬을 보고서 그 광경에 매료되어 평생을 의례, 축제, 놀이 연구에 주력하였다. 부친은 흐로닝언 대학의 생리학 교수였다. 흐로닝언 대학 네덜란드 어문학과에 입학한 하위징아는 어학에 남다른 재능을 보여, 히브리 어, 아랍 어, 산스크리스트 어의 연구에 심취하였고 점차 비교언어학으로 기울어 라이프치히에 유학하기도 하였다. 『호모 루덴스』에도 나타나듯 문학과 예술에 대한 탁월한 안목과 조예는 그가 다양한 분야에 깊은 관심을 가졌음을 보여 준다. 그는 1897년에 학위를 받은 뒤에는 생계를 위해 하를렘 고등학교에 역사 교사로 부임하였다. 그 뒤 흐로닝언 대학에서 고대 인도 문화사와 종교사 연구로 교수 자격을 취득하였고, 점차 연구 중심을 역사학에서 서구 중세사에 두게 되었다. 1905년에는 은사이며 역사학자인 P. J. 블로크의 도움으로 흐로닝언 대학의 역사 교수가 되었다. 1915년에는 레이던 대학의 일반 역사학 교수로 자리를 옮겨 1940년 그 대학이 독일군의 점령으로 문을 닫을 때까지 그곳에서 강의를 하였다. 그는 히틀러가 정권을 잡자 나치를 비판함으로써 수용소에 감금되었다가 1942년 석방되어 가족의 면허조차 금지된 데스테흐의 작은 시골집에서 1945년 2월 1일에 72세로 세상을 떠났다. 저서로는 『하를렘의 기원들』(1905), 『흐로닝언 대학의 역사』(1914), 『중세의 가을』(1919), 『에라스뮈스와 종교 개혁의 시대』(1924), 『얀 베트의 생애와 저작』(1927), 『호모 루덴스』(1938) 등이 있다.